Bueno ese aviso te indica que no estás trabajando PHP en modo seguro "SAFE MODE" y .. por eso te avisa que si usas esa función exec() (entre otras como system() y simlares) NO va a ser seguro la ejecución de aplicaciones externas (llamadas al sistema).
Las directivas que influyuen en esa configuración son: (php.ini):
safe_mode (exec_dir e include_dir)
Puedes indicar ahí un directorio (en las safe_mode_exec_dir y safe_mode_include_dir ) Ese directorio será el que podrás ejecutar aplicaciones externas desde PHP vía las funciones exec() y afines siempre y cuando uses safe_mode a ON (que ahora lo tienes a OFF).
Si quieres .. puedes trabajar en modo SAFE MODE ON .. con todas las restrincciones que tendrás al ejecutar ciertas funciones o simplemente omitir ese mensaje al inicio de PHP ... y trabajar en modo safe mode OFF como lo estás haciendo ahora.
más info:
www.php.net (busca por safe mode)
Un saludo,