Hola dieguicho:
 
Me parece que para explorer existe el método remove, pero no sirve con netscape (y no sé si otros navegadores)...    
 
  
Hice algunas pruebas con una página que tenía y salió una función que va bien en los dos:  
 Código PHP:
    function borrar(yo, n)    {
    var nuevas = new Array();
    var x = 0;
    var elementos = yo.options;
    for (var i = 0; i < elementos.length; i ++)
        if (i != n)    {
            nuevas[x] = new Option();
            nuevas[x].text = elementos[i].text;
            nuevas[x].value = elementos[i].value;
            x ++;
        }
    for (i = 0; i < nuevas.length; i ++)    {
        elementos[i].text = nuevas[i].text;
        elementos[i].value = nuevas[i].value;
    }
    elementos.length--;
    elementos.selectedIndex--;
} 
    
  Como podrás ver, se trata de volcar a un nuevo array, las opciones existentes, y luego realizar el volcado inverso (sin el elemento que se quiere borrar... para luego disminuir el "length" de las opciones. 
Lo probé en este ejemplo: 
<SELECT onchange="borrar(this, this.selectedIndex)">
<option value=alert("Uno")>Uno</option>
<option value=alert("Dos")>Dos</option>
<option value=alert("Tres")>Tres</option>
<option value=alert("Cuatro")>Cuatro</option>
<option value=alert("Cinco")>Cinco</option>
<option value=alert("Seis")>Seis</option>
</select> 
Espero que te sirva. 
Saludos  
