PHP no interviene para nada en el proceso de certificados y sitios seguros ..
Eso te lo dá el soporte SSL (secure socket layer = Capa "segura"). Esta "capa" (SSL) segura se configura en el servidor HTTP que uses (si es que vas a dar soporte tu directamente a tus transacciones .. sino, te lo daría la pasarela de pago que uses si sólo lo necistas para ordenes de pago). En "Apache" por ejemplo es el módulo mod_ssl junto con OpenSSL .. El "SSL" cara a PHP (y cualquier lenguaje del lado del servidor) actua de forma transparente: Los datos son codificdos entre el navegador (cliente) y el serividor (HTTP) .. a "PHP" le llegarían datos desencriptados ..pues ese trabajo ya lo hace el servidor HTTP ...
El cerficado digital de autenticidad que te lo puede otorgar (previo pago) alguna empresa acreditada como puede ser la que mencionas y es lo que certifica que tu SSL sea ademas de "seguro" .. confiable (que tu usuario sepa que al acceder a
https:// de tu domino .. sepa que realmente está ahí y no en otro sitio).
Para más detalles sobre el tema .. te remito al foro de e-bussines donde se suele tratar el tema habitualmente. Y si tienes dudas de instalación de soporte SSL en tus servidores .. visita el foro "Servidores web" ..
Un saludo,