Si quieres modificar los "iconos" como tu dices, debes de disponer un programa que permita abrir archivos targa (*.tga), así como el photoshop u otros.
Debes abrir la carpeta llamada
UI en la carpeta data del Rome, observarás que hay una serie de carpetas, en este caso solos nos fijaremos en dos;
UNIT_INFO y
UNITS. En estas dos carpetas, en su interior se organiza según las facciones. Entra en la carpeta de la facción que desees y podrás observar dentro de la carpeta de la facción los "iconos" de todas las unidades de esa unidad.
Ahora debes abrir el programa que pueda abrir y modificar archivos .tga y desde ahí puedes modificar el "icono" a tu gusto. Aquí te dejo un link de una guía en inglés donde explica cómo hacerlo.
http://forums.totalwar.org/vb/showthread.php?t=51373
Saludos.