Buenas,
Los sockets sólo te enlazan dos máquinas. Lo que ti hagas con ese enlace es cosa tuya. Es decir, con sockets, puedes crear una conexión entre la máquina A y la B. Si sobre esa conexión quieres programar un chat, un Telnet, un SSH, o un virus, eso ya es cosa tuya.
Para hacer lo que pides, es básicamente como dices, desde el ordenador A, le envías el comando (con los parámetros y todo) y desde el ordenador B, los ejecutas como llamadas a sistema.
P.D.: No implementes esto de forma profesional, ni siquiera tengas este servicio abierto más allá de las pruebas que hagas para aprender. Debes entender que lo que estas haciendo, supone un alto riesgo de seguridad para el ordenador servidor. Si quieres tener algo así, te recomiendo que uses un programa como SSH o que sepas MUY BIEN todo lo que estás haciendo. Si esto es sólo para practicar, tienes mi enhorabuena por querer aprender, pero tómate estas cosas muy en serio ya que no sólo se podrían conectar a tu PC sino también saber que comandos le envias, etc. Más información:
Telnet y
SSH
P.P.D.: No te tomes mi comentario anterior como una crítica a ti sino como un consejo/advertencia para cualquiera que lea este post y quiera hacer algo así
Saludos