Problema con remplazar los strings de un fichero

[mifbgm]

AYUDAA POR FAVORRR ya se cual es el problema pero no se solucionarlo, necesito que lea poco a poco el caracter pero me lee linea por linea, y cuando reconoce uno se sale, AYUDAAA PORFAAA
hola, la verdad soy nueva en programacion y estoy tratando de hacer un proyecto de la uni que es un programa que lee un archivo.txt, que cuando encuentre el simbolo > muestre toda la info que esta en esa linea (ya lo hice), y que en las lineas que no tienen > evalue una cadena de caracteres y los cambie por numero asignados ejemplo, dentro del fichero.txt tengo:
>Tique
COX1,COX2,ATP8,ATP6,COX3,ND3,-ND1,-RNL,-RNS,-ND5,-ND4,-ND4L,ND6,CYTB,ND2
y deseo mostrar:
>Tique
1 2 3 4 5 6 -7 -8 -9 -10 -11 -12 13 14 15

Pero no logro hacerlo apenas encuentra el primer valor que deseo buscar muestra el q le assigne y sale aqui les mando el codigo como va, muchas gracias por su ayuda, de verdad me urge su ayuda


#include <cstdlib>
#include <iostream>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>


using namespace std;

int main()
{

FILE *fichero;

char buffer[80][80];
char *nextline, *where, *parametro[20],*new_line;
int total_lines;
char type[]=">";
char type1[5]="COX1";
char type2[5]="COX2";


fichero= fopen("Hola.txt","r");

total_lines=0;

while (nextline= fgets(buffer[total_lines],80,fichero))
{
if (new_line= strstr(buffer[total_lines],type))
{
printf("%s\n",new_line);
}
if (new_line = strstr(buffer[total_lines],type1))
{
printf("1\n",new_line);
}
else if(new_line = strstr(buffer[total_lines],type2))
{
printf("2\n",new_line);
}
if (where = strchr(buffer[total_lines],'\n'))
{
*where='\0';
parametro[total_lines]= where+1;

}

if (new_line= strchr(parametro[total_lines],'\n'))
{
*new_line='\0';
total_lines+=1;
}


}
fclose(fichero);


system("PAUSE");
return EXIT_SUCCESS;
}