Ja, y no habia notado algo....
while (!feof(fp))
{
for (j = i + 1; j < num_clientes; j++)
{
if ((strcmp(Banco[i].Nombre,Banco[j].Nombre) == 0) && strcmp(Banco[i].Ciudad,Banco[j].Ciudad) == 0))
{
iguales++;
}
}
}
ese while(!feof(fp) ni siquiera viene al caso.
Explicame que intentas hacer con archivos por favor.
Saludos