no, no hay problemas, eso se llama realizar un round robin a nivel de DNS. Lo que sí es complicado y no por el aspecto de los DNS sino porque tendrás que hilar muy fino en muchas situaciones por ejemplo:
1- mantener una copia fiel del mismo sitio en dos servidores.. si es estático te salvas.. sino va a ser duro
2- Cuando un servidor se caiga, la mitad de los clientes dejará de ver el sitio pues el round robin seguirá ciegamente enviando clientes de forma pareja a cada servidor declarado (no es aleatorio sino en round robin).
El balanceo de carga a nivel de dns es fácil en principio, pero complejito de encontrar soluciones a sus problmas. Pero adelante... así vas aprendiendo