Este es el script:
 
Esto va en el 
<head>   
Código Javascript
:
Ver originalfunction random_banner(){
  var i=0;
  banners = new Array();
  banners[0] = '<IMG SRC="banner0.gif" WIDTH=400 HEIGHT=40>';
  banners[1] = '<IMG SRC="banner1.gif" WIDTH=400 HEIGHT=40>';
  banners[2] = '<IMG SRC="banner2.gif" WIDTH=400 HEIGHT=40>';
  today = new Date();
  i=today.getSeconds();
  n=banners.length;
  return banners[i-Math.round((i-1)/n)*n];
}
  
y este en el 
<body> (donde quieres que aparezca la imagen)   
Código Javascript
:
Ver originaldocument.write(random_banner())
  
Si quieres mas de 3:
Fijate en   
Código Javascript
:
Ver originalbanners[0] = ...
banners[1] = ...
  
... aqui puedes poner cuantos banners desees. 
Por ejemplo, si queres 5:
banners[0] = ...imagen...
banners[1] = ...
banners[2] = ...
banners[3] = ...
banners[4] = ... 
Saludos