Sabía que tenía problemas con la transparencia en archivos .png, pero lo que no sabía es que se tomara los colores de manera diferente también.
Me dí cuenta cuando miré la web en IE y en la cabecera tengo un anuncio en .swf y al lado una imagen .png cuyos fondos son iguales -en principio- pero IE mostraba el .png mas oscuro de lo que debería ser. Cambié el .png por un .jpg y va bien.
Que cosas tan curiosas.