Mira, hasta cierto punto es cierto lo que dice Gustavo, se está tratando de salir de la maquetación por tablas, según a lo que se pretende llegar con los estándares, pero hay muchos diseñadores que todavía están usando la maquetación por tablas, tendrán sus motivos (algunos dicen que es un poco más facil, o que se yo), es decir, tiene sus ventajas y desventajas (fijate este articulo
http://www.desarrolloweb.com/articulos/1771.php)
Como consejo, no te guies por completo, o no tomes como palabra santa lo que dicen los profesores, sino evalúa
"Examinad todo y retened lo bueno"; yo escuche a profesores hablar tantas cosas, algunos se "actualizan" otros no, a veces están obligados porque su programa es de esa forma y no se pueden salir de el.
Aprende lo que te enseña el profesor, y te felicito por tu propia iniciativa en lo de etiquetas DIV, y como otro consejo, seguí investigando lo de maquetación por CSS, que es bueno aprenderlo desde el vamos, por otro lado los validadores no te validan una web maquetada por tablas....
es un punto a tener en cuenta
Bendiciones
Agrego: Estoy de acuerdo con fer, diseñar primero según los estándares, y luego modificar según lo que se muestre en el IE