lo usual y más recomendado es acudir a los script del lado del servidor, como PHP, JSP, ASP entre otros, los cuales te permiten incluir fragmentos de otros archivos directamente en el servidor, y de una forma muy simple, por ejemplo con PHP:
Código PHP:
<?php include("mi_archivo_cabecera.php"); ?>
(puede ser html)
también si no quieres recurrir a éstos, tienes la opción de SSI (server-side-include), y las menos remendadas debido a que consumen ancho de banda son frames/iframes o usar AJAX para ello (Ajax es recomendable pero para otras cosas, no solo para "incluir" archivos
)