Casualmente me he estado informando sobre el tema estos días. Hay más opciones de las que te puedes imaginar.
Como dice faraellucero, photshop trae esa opción, también con imagenes vectoriales se pueden crear animaciones e incluirlas embebidas en html, son archivos .svg
Puedes informarte sobre eso pero yo lo veo casi más complicado que la utilización de JS. Con la llegada de HTML5 ha aparecido un mundo de posibilidades.
Te recomiendo que leas sobre HTML5, JS y CSS3 , ahora están apareciendo programas para crear animaciones tipo adobeflash pero con HTML y JS, un ejemplo el HTML5 Animator o la de adobe, aún tengo que probarlas, no sé si son muy potentes.
Te dejo algunos enlaces:
Curiosos ejemplos de HTML5+JS:
http://www.williammalone.com/
Ejemplos de Adobe:
http://beta.theexpressiveweb.com/
Adobe Edge:
http://html.adobe.com/edge/animate/
HTML5 Animator:
http://www.a5-animator.com/
Tutorial SVG:
http://www.programacion.com/articulo/svg_javascript_278