Hola
Para diseñar páginas web lo mejor es ir por etapas, divide tu proyecto en etapas y corre preguntando según vas encontrando problemas, asi preguntas algo más concreto
Primero
Haz un diseño de tu pagina en Photoshop o Fireworks para que el cliente apruebe el diseño, nunca hagas primero el CSS, primero que aprueben el diseño.
Segundo
Ya que la página que vas a hacer es PHP yo usaría un diseño modular,
¿Cómo hacer diseño modular? Tercero
Con el diseño aprobado y la estructura de la web mdular ya puedes empezar con la maquetación usando CSS
Cuarto
Recién aquí empiezas con la programación, ya que vas a usar una base de datos los mejor es usas una
clase que maneje tu base de datos además debes diseñar tu base de datos con las relaciones correspondientes
Quinto
Al tener la base de datos ya puedes empezar con la interfaz de usuario, recien en esta etapa puedes pensar en la conveniencia o no de usar AJAX
Sexto
Con la aplicación completa ahora debes centrarte en la administracion Keep It Simple, Keep it Stupid
Septimo
Finalmente te dedicas al debug, es decir a buscar errores, la pones la página en fase de prueba
Esa es la metodología que yo uso para el diseño, también es una buena idea en la primera etapa hacer borradores de la ubicación de elementos y de las distintas páginas pero eso dependerá de a complejidad del proyecto y según eso hacer el análisis del sistema.
Esos pasos pueden variar de desarrollador en desarrollador, pero si alguien te dice que se puede hacer un portal sin hacer una planificación previa (abundan esos fulanos), simplemente no sabe de que habla.