Hola,
Al ejecutar un applet firmado suele salir un popup de seguridad (verificación de firma). Si por el motivo que sea el usuario Cancela ese popup el applet no se ejecutará, o no lo hará del modo correcto.
Si el usuario vuelve a intentar ejecutar el applet ya no vuelve a salir el popup de seguridad, el navegador "recuerda" la opción que ha pulsado el usuario, siempre y cuando no haya cerrado el navegador.
Es posible hacer que el navegador no recuerde la opción desde el código del applet (o html que lo lanza), es decir, que no tenga nada que ver con la configuración del navegador.
Saludos y Gracias,
XerXi