PHP y JSP acceden, como es evidente, de formas distintas a las bases de datos.
PHP no requiere necesariamente un enrutamiento fijo para el acceso a una base, ya que lo que realmente necesita es un acceso al motor del server. El enrutamiento lo resuelve MySQL. Solamente requiere que los parámetros sean ingresados en el objeto mysql_connect() de la forma correcta, esto lo puedes leer en el
manual de referencia.
El tema puede pasar por la configuración de la ruta en el php.ini, cosa que se explica en la sección
Runtime configuration: The configuration file.
Presta especial atención a lo que dice respecto a Apache:
Cita: Nota: El servidor web Apache cambia el directorio raíz al arrancar, por ello PHP intentará leer el archivo php.ini en el directorio raíz, si existe.
Es posible que, entonces, los problemas se deban más a configuraciones de XAMPP que a MySQL en sí.
Mi sugerencia es que postees la pregunta en el
Foro de PHP, porque allí tienen más experiencia con estos problemas.