1) tu problema con RLIKE es, pienso, de PhP. Pide ayuda en el foro PHP y verás qué fácil de solucionar. Aquí en eso no podemos ayudarte: son normas del foro.
2) De todas formas, yo ahora me he preguntado lo siguiente. Si cuando alguien escribe en el input mariposa, tú generas con programación una cadena con esa palabra, y otra vez esa palabra con el añadido de una 's' o 'es' según corresponda, y luego buscas esa cadena con los dos términos usando tu índice FULL-TEXT
'mariposa mariposas'
¿qué pasaría? En realidad, esto es como si buscaras con OR, pero para FULL-TEXT. Creo que funcionará y será más eficiente que las expresiones regulares.
El problema, como siempre, es la naturaleza de algunos plurales especiales (mira aquí
http://es.wikipedia.org/wiki/Formaci...n_espa%C3%B1ol), y el hecho de que tampoco sabes si la palabra está escrita en plurar o singular por quien busca. Si tú controlas las palabras buscadas, puedes pedir que se usen palabras en singular y tú resuelves el plural con programación y con base de datos para las excepciones (los datos irregulares).
En fin, es una propuesta.