Me encuentro en este medio ya que tengo un gran problema, Tenia una Base de Datos Nacional Venezolana, con 17.768.888 Registros en MSQLServer 2000, La he migrado a MySQL de forma exitosa ya que hasta donde se, no tiene las limitaciones que tiene SQL Server.
He realizado consulta a la tabla limitando a que me muestre solo los primeros 1000 registros, hasta alli todo excelente.

Pero necesito hacer unos cambios a la tabla, un Alter Table, y luego un Update, pero alli si que me muestra el siguiente Error Code: 2013. Lost connection to MySQL server during query.
El error es con cualquiera de las 2 instrucciones que utilice, de hecho si realizo el select sin utilizar el Limit osea "select * from `sicoci(regven)`.`regven`", tambien me muestra ese error.

He investigado pero nada que doy con la solucion del error.
Estoy Utilizando MySQL 5.5.13, Local, MySQL Workbench 5.2
Alguien me puede ayudar a solucionar esto?