1. las tablas InnoDB permiten integridad referencial (actualizaciones y borrados en cascada).
2. las tablas MyISAM permiten campos indices FULL TEXT, que he leido por ahi que es lo ideal para hacer buscadores.
por otra parte, me paso una vez que estaba subiendo una base de datos InnoDB a un hosting linux y automaticamente este la convirtio a MyISAM,

por que linux no soporta motores InnoDB?
en su opinion, cual es la mejor opcion?
se pueden tener en una misma base de datos tablas de diferente motor?
bueno espero por sus opiniones.

saludos y suerte