Al final encontre este codigo que es facil, rapido y va de lujo.
Código MySQL:
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La tabla products_categories es la que queremos editar (la que hay que quitar los duplicados) .
products_categories_temp es una tabla en la que almacenamos temporalmente los datos.
productid es la columna por la que vamos a referenciar la busqueda. Quiero decir. La columna que queremos que se borren los duplicados (por ejemplo en mi caso se llamaba nombre porque tenia varios nombres iguales).
Pues ya esta. Va de lujo. Espero que os sirva. Hasta que encontre esto lo pase muy mal tirando de backups.
Esta idea es de Damon Parker. Cuya web es damonparker.org