Es sumamente complejo recuperarlas desde allí. Si el servicio está levantado, yo te sugeriría que intentases hacer una conexión en remoto desde otra instancia de MySQL, a ver si se puede hacer un backup.
Fuera de eso, tanto en el manual de referencia, como en la web en general podrás encontrar información de como se hace para recuperar las bases de datos partiendo de esos archivos. Pero desde ya te advierto que no es sencillo.
Este es un caso que puedes usar:
http://www.juanmitaboada.com/recuper...ros-frm-y-ibd/