Los collations o cotejamientos en español van de la mano de los juegos de caracteres, te explico un poco como funciona un poco de manera general y si quieres profundizar te dejo un enlace a la documentacion de mysql que es mas completa, los juegos de caracteres se pueden decir que son como una lista de caracteres que reconocera en las operaciones de la base de datos (el claro ejemplo es el juego de caracteres latin1 que no reconoce la letra ñ y las vocales con tilde), ahora las colaciones son como las reglas que existen para las operaciones entre cadenas de texto (comparacion, ordernacion, equivalencia, validar mayusculas y minusculas), es la que se encarga de decir que la n no es igual que la ñ o lo contrario de acuerdo al juego de caracteres y la colacion que estes usando, bueno eso seria de manera rapida una explicacion de las colaciones y juegos de caracteres.
ahora para que te demos una mejor ayuda sobre el asunto puedes poner la consulta o el procedimiento que estas usando y el error completo para que podamos ver que colaciones estas mezclando, saludos, cya
ahh me olvidad aqui te dejo un link mejor explicado:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...t-general.html