Hola na_nho:
El problema no está con la BD, sino con la forma en como estás insertando tus datos, en otras palabras es un problema de programación. La mayoría de los calendarios JS SÓLO CAPTURAN LA FECHA, pero sin hora... es por eso que MySQL asigna como hora 00:00:00. Checa estos ejemplos:
Código MySQL:
Ver originalQuery OK, 0 rows affected (0.26 sec)
-> ('2012-03-15 11:58:00'),
-> ('2012-03-15'),
Query OK, 4 rows affected (0.12 sec)
+---------------------+
| fecha |
+---------------------+
| 2012-03-15 11:58:00 |
| 2012-03-15 00:00:00 |
| 2012-03-15 00:00:00 |
| 2012-03-15 11:58:43 |
+---------------------+
Observa, en el primero y último de los casos SE ESTÁ INSERTANDO LA FECHA Y LA HORA COMPLETAS, para el segundo y tercer caso SÓLO SE ASIGNA LA FECHA, por lo tanto se asigna como 00:00:00.
Debes encontrar una manera para que el usuario seleccione la fecha PERO TAMBIÉN LA HORA, dado que este es un dato significativo.
Saludos
Leo.