Cita: la verdad es que no se si para usar las procedures hay que configurar algo en particular
En realidad no hay mucho por configurar, pero yo pensaría que tienes muchos problemas en el servidor de pruebas (habría que verificar procesos huérfanos, consistencia de datos, bastantes cosas). Por mi experiencia es bastante fácil que las maquinas locales y los servidores de prueba tengan problemas de performance, en la empresa tenemos cuatro ambientes de prueba con cuatro servidores, y en ninguno todas las cosas andan demasiado bien.
En cualquier caso, mientras no haya caídas por timeout, y productivamente sean veloces, no deberías preocuparte por eso.
Por otro lado, por experiencia también, usar SP y SF es la mejor forma de segurizar la base de datos y las transacciones críticas. No es recomendable usar queries directas.
De hecho, en la empresa donde trabajo, el área de seguridad informática prohíbe estrictamente cualquier acceso a la base si no es por SP/SF.