Para todo, utiliza el comando mysqldump. Investiga sobre el mismo.
Y los pasos que te aconsejaría hacer son los siguientes:
- Respaldar (mysqldump).
- Instalar MySQL 5 en otro equipo.
- Restaurar el respaldo (mysqldump)
- Verificar si todo quedó bien.
Si lo anterior queda bien, ya podrías asegurarte que al instalar MySQL 5 en el equipo donde va a estar el MySQL va a estar bien con los datos.