1) Eso es tema de contadores. Consigue uno y que él te informe. Todo lo que necesitas saber está en la página de AFIP, pero sólo un buen contador te puede aclarar cual es tu categorización para cada impuesto aplicable.
2) Si usas el nombre de otra persona jurídica o física, es decir esa persona fisica/jurídica es la que factura, tu le cobras a esa y a esa le facturas.
Es o que se llama "tercerización de servicios". No es ilegal, pero no te beneficia mucho...
Cita: Yo realizo los sitios web como empresa, no como freelance, es decir, utilizo un nombre ficticio de caracter empresarial, no mi nombre propio
Si el nombre ficticio es literalmente
ficticio, lo tuyo sería un fraude.. Quiero imaginar que por ficticio te refieres a "nombre de fantasía", y no a eso otro.
Si es un nombre de fantasía, estás obligado a registrarlo como comercio, por lo que debes cumplir con regulaciones nacionales (AFIP) y locales (secretaría de comercio e industria de la localidad donde vives), esto último aunque (y especialmente) si tus servicios se aplican a clientes en el extranjero.
En el caso de comercio con el extranjero, aunque sean servicios de web, también deberás registrarte en categorías especiales.
Nunca te olvides que los que trabajan en sistemas de la AFIP, no sólo son compatriotas (con igualers habilidades), sino y por sobre todo, son
profesionales en sistemas...
O sea, son gente que siempre sabe más que vos mismo.