Es que desde ASP.NET 2.0 las cosas cambiarón tanto que ahy muchas cosas de que hablar. Lo que te comente arriba es una vía rápida a tu problema pero ahy más que saber.
Desde la version 2.0 la compilación ocurre directo en el IIS cuando se hace llamado a la página, estamos acostumbrados a compilar y subir todo ya en la carpeta bin, pero igual se puede subir todo a el IIS con el código fuente y se compilará desde el web server.
Esto tiene muchos motivos que no hablaré aquí pero si hablaré sobre las ventajas que nos brinda:
1- Cuando tienes un sitio en producción como es tu caso, nos permite hacerlo crecer agregandole nuevas funcionalidades sin necesidad de compilar.
2- Nos brinda la opción de agregar nuevos módulos como es el caso de como trabaja la carpeta App_Code que se define como: "Carpeta que contiene código fuente de utilidades y modelo de negocio como son vb ó cs que quieras compilar como parte de tu proyecto. Usando una compilación dinamica el ASP.NET compila todo lo que este en el App_Code folder en la solicitud inicial que se hace a tu aplicación. Los códigos en sus archivos solo serán re compilados si se detecta algún cambio en ellos."
Es muy sabido que uno como programador busca la seguridad y se ve medio mal a nustro punto de vista que los códigos en archivos cs ó vb estén visibles, la verdad es que eso esta en nuestra cabeza ya que microsoft explica como se protegen estos archivos igual que el web.config.
Si somos dueños de el servidor donde se mostrará el proyecto podemos hacer uso de esta ventaja que se hace necesaria en sitios con muchas funcionalidad que requieran un mantenimiento constante tanto en crecimiento como en funcionalidad.
Aquí les dejo algo de texto que habla de esto en estos link:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ex526337.aspx http://rthumati.wordpress.com/2009/0...ders-app_code/
Saludos,