Hola, bienvenido al foro, Windows 98 lamentablemente es un sistema operativo muy inestable, probablemente se haya dañado un archivo importante para el arranque del sistema, lo que podrías intentar es lo siguiente:
1. Debes tener un diskette de arranque de win98 y bootear desde el, para eso debes entrar a la BIOS y ordenar tu secuencia de arranque, el primer dispositivo de arranque debe ser Floppy o Diskettera, sal de la BIOS guardando los cambios, reinicia tu maquina e inserta el diskette.
2. Te aparecerán 2 opciones (1) Con Compatibilidad para CD-ROM (2) Sin compatibilidad para CD-ROM, escoge Con Compatibilidad para CD-ROM.
3. Una vez q el sistema te de el prompt A:\> escribe
fdisk/mbr y presiona ENTER para eliminar posible virus del MBR (Master Boot Record).
4. Luego debes escribir
sys c: y presiona ENTER.
5. Reinicia la máquina y verifica los resultados.
Si el problema persiste, arranca nuevamente el disco de arranque y ahora escibe
C: para cambiar de unidad y una vez en el prompt C:\> escribe
scanreg/restore y presiona ENTER para recuperar la configuracion original.
Ya nos contarás como va todo.
Saludos