Tengo un problema con un virus que crea un archivo .exe

[ponxo]

hola a todos, tengo un problema con un virus que crea un archivo .exe de algunos archivos y carpetas y cuando se limpia con el antivirus estos archivos o carpetas "desaparecen", pero he notado que arrancando desde la unidad de cd con algun sistema operativo (mini xp o ubuntu), las carpetas estan en el disco duro y puedo inclusive hasta copiarlas a otra unidad de disco (el de mi cliente) pero al momento de conectar nuevamente el disco de mi cliente en su maquina y cargar windoes desde este disco, la carpeta no aparece pero se que ahi esta ya que si le pongo al antivirus a hacer una revision, en la lista de archivos que va escaneando, estos si aparecen, mucho agradecere su ayuda, saludos