Vamos por partes, lo primero es que como leo en este post:
http://www.adseok.com/tips-seo/profundidad-directorios/
Ya no existe diferencia para el buscador si se encuentra en carpetas o no así como la profundidad de estas. Claro está aún hay que tomar en cuenta que mientras más términos tenga la URL más complicado es posicionarla.
Lo otro es que simplemente recomiendo no usar htm o html porque tiene menos palabras -si son 3 o 4 letras- pero puede ser importante. Por ejemplo si buscas php en Google:
http://www.google.com/search?client=...utf-8&oe=utf-8
Verás que también resalta también los archivos con esas extensiones, entonces si bien al buscador le da igual la extension que tengas en ciertos términos como html, php y otros si influencia como palabras dentro de tu url, el buscador no las separa como extensión como puedes ver.
Espero te ayude