Yo lo haría de la siguiente forma:
midominio.com -> País principal / idioma pral.de.midominio.com -> Alemán
en.midominio.com -> Inglés
fr.midominio.com -> Francés
it.midominio.com -> Italiano
...etcétera
Si bien también podemos contemplar el uso de carpetas y geolocalizar las mismas mediante las WMT, la página principal - la raíz del dominio - queramos o no queramos siempre estará geolocalizada de manera forzosa al país principal algo que puede llegar a ocasionar ciertos conflictos en ciertos sentidos.
Cita: Por otro lado el uso de carpetas, para la definición de contenidos en diferentes idiomas; nos alejan un nivel de la raíz del dominio, algo que si puedo evitar lo evito por todos los medios.
A nivel de linking interno, aprovechas el peso distribuido de todas las acciones naturales (o no) realizadas tanto en todos los idiomas así como en el dominio principal, por lo que el peso general a nivel de relevancia se puede distribuir francamente bien si diseñas y preparas una buena arquitectura interna del sitio
Saludos