Antes que nada deben mirar antes de postear, esta misma pregunta se hizo 3 veces esta semana :P, si no observan o no saben buscar, pocos serán sus logros como SEO.
El uso o no de www. no es relevante, no suma ni resta para SEO. Igualmente eso no significa que luego de decidir usarlo o no usarlo, no debamos tomar recaudos.
1) Cualquier usuario te debe poder enlazar o ingresar tipeando la URL tanto con
www.sitio.com como sitio.com, escriba como escriba o enlace como enlace, debe llegar a tu sitio.
2) Debes configura en Google Webmaster Tools cual es tu preferencia de uso, o sea indicar si usas con o sin.
3) Tu sitemap debe estar generando las URLs como tu preferencia.
4) Y quizás el más importante, debes hacer una redirección 301 para que con o sin www. vaya a la única posible que es la que tu decidiste.
Con todo esto, tu sitio se indexara sin duplicados.
Esto también aplica a si tienes varios dominios apuntando a un solo sitio, debe redirigir con 301 a un único y permitir indexar uno solo si bien el usuario tipea cualquiera.
En el blog de mi firma hay 3 artículos que explican los casos y como realizar las 301 en varios lenguajes, como seleccionar con o sin www y redirigir, y como actuar con dominios parkeados.