Vamos a empezar a tomarnos más en serio el mundillo SEO...
Veamos, tengo dos dominios, tal que DOMINIOA y DOMINIOB (que nada tiene que ver el uno con el otro), la estructura interna es la siguiente
Public_html/Contenidos del DOMINIOA
Public_html/DOMINIOB/Contenidos del DOMINIOB
Si un robot accede a Public_html indexará tanto el DOMINIOA como el DOMINIOB, y si accede directamente al DOMINIOB volverá a indexar el DOMINIOB, ¿eso se considera contenido duplicado?
¿Debería de poner en el robots.txt del DOMINIOA una línea que excluya a partir de /DOMINIOB de tal forma que a partir de ahí sólo se pueda indexar entrando por DOMINIOB?
P.D: si veis cualquier otro problema de tener así la estructura lo podéis comentar, yo sólo comento ese porque es hasta donde alcanzan mis conocimientos SEO :P