bueno, en cuanto a las dimensiones, eso lo tienes que definir con tu equipo.
Si la quieren tamaño carta, media carta, folleto, etc. Hay diferentes dimensiones que puedes ver con tu imprenta.
Dices que por ahora lo haras online, pero aun asi, si piensas empezar algo, tiene que estar bien definido para no estar cambiando a cada rato de medidas y confundir a tu publico.
Por lo poco que escribes en tu mensaje, me da la impresion de que te quieres aventar a hacer una revista sin planificar nada. NO HAGAS ESO.
Yo trabajo para una revista, y mi jefe no se organiza, no planea, no hace estudios de mercado, y casi todo lo decide "segun su criterio y observaciones", y eso nos afecta a todo el equipo porque tenemos que corregir y cambiar cosas a cada rato, y salen cosas mal.
Antes de empezar un proyecto grande como una revista, debes antes hacer estudios de mercado: saber a que publico vas dirigido, que edades, de donde, que buscan, que les gusta, que no, cual es tu competencia, porque prefieren cierta revista a otra, que quieren ver en una revista, donde se distribuira, donde leen la revista, etc.... Asi como investigar costos de impresion, distribucion, papel, tintas, etc.
todo eso te dara informacion y datos para decidir cosas como: cuantas paginas seran, sera a color o a una tinta, cual es el tamaño ideal, que tipo de papel usaras, quien y como distribuiras la revista, que haras con las revistas que sobren del numero anterior, donde obtendras la informacion, cuantas personas formaran tu equipo, etc., que estilo predominara en tus portadas, como haras para que sobresalga de las que ya estan posicionadas en el mercado, como les daras promocion, que tipo de campaña haras, como vas a financiar tu revista, cuantos anunciantes tendras, de que tamaños venderas espacios publicitarios en tu revista, etc., y mas etcs.
Quizas ya has hecho esos analisis, pero como preguntas lo de las dimensiones, pues me da la impresion que no es asi. Aun cuando tu creas que conoces mucho del tema, y que si te has puesto a pensar en que es lo que te gusta y lo que le gusta a le gente... no te confies, porque no todos piensan como tu. Hay que investigar el porque del exito de tal o cual revistas posicionadas.
Y repito, aunque quieras empezar online por ahora, si piensas llevarlo a algo grande impreso, si tienes que contemplar ese tipo de cuestiones. Ademas que, como promocionaras tu revista online? como la conocera la gente? como lograras que miles de personas accedan a tu sitio en cuanto arranque tu proyecto?
En cuanto a tus otras preguntas, la portada y contra portada no tienen porque ser hechas forzosamente en un cierto software, eso ya depende de tu diseñador. Yo utilizo Illustrator y photoshop principalmente para hacer la portada de la revista para la cual trabajo.
InDesign y QuarkXpress son ambos muy buenos programas. Pero creo que si tu revista no va a ser muy grande [en cuanto a contenido, numero de paginas], InDesign se acomoda perfecto.
Yo no utilizo QuarkXpress [aunque me gustaria aprenderlo], pero si he oido que es excelente para publicaciones grandes.
necesito consejos para hacer una revista. 
