Un Pdf para imprenta es una versión baja de Pdf porque para evitar cuestiones de compatibilidad muchas funciones están desactivadas. Entre ellas fondos transparentes. (Me parece que el formato X-1 y X-3 están basados en la versión 1.4 no recuerdo bien)
Un Pdf NO incluye una imagen formato Photoshop, incluye o un jpg o una imagen sin comprimir o una compresión zip. (No sé si la cabecera es simple como un bmp o un tiff)
En realidad nunca debiste mandar fondos transparentes. Yo insisto en que un pdf debe contener solamente
Mapas de bits aplanados y texto o ciertas plecas sólidas arriba. Nada más. Esto no limita para nada el diseño. Simplemente aplanas todo excepto el texto y estas plecas específicas... Degradados, sombras, transparencias, textos grandes abajo de los efectos, van aplanados como Mapa de bits.
Ahora. Hay que revisar el flujo de trabajo de la imprenta. En teoría si un pdf se ve bien en pantalla no debe haber ese tipo de cambios. Pero dependiendo del flujo de la preprensa un archivo lo "abren" o no. Lo ideal es que utilicen un software de composición de pdf directo.
A veces componen el pliego en Ilustrator
o en Indesign. En indesign no hay tanto problema ya que inserta el pdf como tal, pero ilustrator lo abre.
Si tu archivo NO estaba completamente bien, por ejemplo sin lineas de corte, seguramente lo abrieron ya que hay que insertarlas antes de la composición del pliego (normalmente).
Te debieron de informar de cualquier irregularidad, pero a fin de cuentas la responsabilidad es del diseñador, no la culpa, la responsabilidad. Mandar a impresión es una cuestión muy delicada y hay que interrogar completamente a la imprenta, estar metiendo la nariz en la previsualización del rip (por lo menos cuando haya efectos o dudas), revisar los negativos o planchas, pedir pruebas de color que no sólo son para revisar el color, etc...
Hay que ver exactamente el mismo archivo que ellos recibieron de tí. Si en el pdf se ve bien en pantalla, si puedes imputarles a ellos cierta responsabilidad.
Lo que se me hace extraño es que una correcta configuración del pdf para salida profesional, normalmente debe aplanar correctamente los mapas de bits... a veces no tan correctamente pero aplanados al fin, por lo que el pdf debería de estar ya aplanado... Habría que ver la configuración, aunque mejor aplana los archivos desde antes.
Editado:
Otra cosita... NO actives mantener capacidades de edición... Un pdf para imprenta debería ser NO editable para nada. Ni texto (mandarlo a curvas), ni efectos, ni nada...