Todo eso dependerá del software con el que trabajes, pero la gran mayoría—si no es que todos ellos—hacen las marcas de registro y cruces en forma automática, así que no es necesario preocuparse por eso. En cuanto a la escala de grises...mmm, no estoy seguro a que te refieres. Si tu diseño en en blanco y negro y lleva alguna pantalla de porcentaje de negro, lo único que te puedo decir es que la pantalla no la hagas de menos del 10% negro, ya que un valor menor a ese podría en aprietos al impresor. Esto mismo aplica a cualquier otra pantalla de color.
Yo trabajo con InDesign y el programa puede recolectar todas las imágenes, tipografías y archivos nativos en un solo folder, sin necesidad de hacerlo manualmente. Lo mismo hace QXP. Antes de entregar un archivo nada más tienes que estar seguro que los colores sean los correctos, esto es, si es un impreso a todo color las imágenes tienen que ser CMYK, pero si son plastas de color en Pantones u otro sistema de color, tienen que ser esos colores los que deberá de tener tu archivo.
Por lo general yo borro todos los colores extras que no utilicé en mi diseño, para evitar malos entendidos con el impresor además de que es la manera profesional de hacerlo. En las pre-prensas e imprentas alucinan a los diseñadores que no se toman el tiempo de borrar todo eso, además de innecesarias guías, cajas, extra imágenes que se dejan al borde del diseño que no se borraron por flojera, etc.
También la recomendación va para las tipografías que no se utilizan. Yo he visto archivos de otros pseudo-diseñadores que dejan 50 colores y 15 diferentes tipografías en un archivo original cuando solo utilizaron dos colores y una fuente
Ya que tienes todo esto, te quedará algo semejante a esto:
Si tu diseño está hecho en Illustrator o Photoshop, esos programas no recolectan tus imágenes y fuentes en forma automática, así que tu deberás de hacerlo en forma manual. Espero que esto te sirva, pero nos tienes que decir en que programa estas trabajando para poder responder mejor a tu pregunta.
Saludos,
Sergio