Hay 2 formas de hacerlo automatico y manual desde cualquier programa.
1.- Seleccionado del programa la paleta de Color Pantone Solid, este es el modo automatico, si tienes una impresora de tipo postcript le das la opcion en la persiana de separaciones al activarla te reconoce la cantidad de colores que hayas colocado, cuidando que sean del mismo grupo esto es C para papeles brillantes y U para mates.
Aunke en serigrafia no es muy notorio, si es en cuanto a la separacion porke te marcara mas colores de los debidos.
En cuanto a la impresora, en lo personals las de inyeccion de tinta a veces no sale muy limpia la impresion y se puede escurrir un poco la tinta, y si requieres mas exposicion no hay como un positivo, pudieras hacer prueas he visto que unsando programas como el ghostscript puede funcionar en algunos casos.
Sore todo la variacion la notaras cuando usas porcentajes o pantallas ahi es donde fallan mucho las impresoras, en cambio una filmadora sacando tramas de 60 a 90% funcionan perfectamente para algunos trabajos, sino es muy complejo el trabajo y vas con masas de color al 100% puede funcionar.
Algunos ayeres hice este tuto que te puede servir de guia, lo demas es cosa de activar en ilustrator la opcion de separaciones y funciona exactamente igual.
http://www.forovecindadgrafica.com/s...paracion+color