PHP con carpeta restringida

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Buenas, estoy usando el iis con php desde hace ya tiempo, y todo funcionaba perfectamente, mi problema a venido cuando he querido restringir el acceso de una carpeta concreta (Administracion) por medio de usuario y clave. (Botón derecho propiedades, pestaña seguridad, quitar usuario todos y poner uno concreto) Vale, ahora me funciona el php que hay fuera de esa carpeta pero no el que esta dentro de esa carpeta, es como si perdiera la configuración de reconocer el php.. No sé, podeis echarme una mano, debe ser una tonteria.. Gracias!