Problema con Canonical Redirects y Scripts instalados

[SI TAN SOLO TUVIERA]

Estoy usando el siguiente codigo en mi archivo .htaccess para redireccionar al root de mi página:

Código Apache:

Options +FollowSymlinks
RewriteEngine on
RewriteBase /
 
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /([^/]+/)*index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^(([^/]+/)*)index\.php$ http://www.dominio.com/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^dominio\.com [NC]
RewriteRule (.*) http://www.dominio.com/$1 [R=301,L]
 

Cosa que si alguien me enlaza o copia en la barra de direcciones:

dominio.com
http://dominio.com
http://www.dominio.com/index.php
http://dominio.com/index.php
www.dominio.com/index.php
www.dominio.com

Siempre se va a ir http://www.dominio.com.

El problema que tengo es que debido a ese Rewrite no puedo instalar ni correr scripts, como por ejemplo el CuteNews que es un CMS que andaba probando. Tambien tengo instalado XML-Sitemaps Generator que corre del lado del servidor, pero no funciona si tengo este Redirect activo en el .htaccess., los archivos de los scripts no se sobreescriben, si lo quito, los script funcionan bien. No tengo idea qué tenga que ver lo uno con lo otro.

Alguien sabe qué puede ser o cómo puedo arreglarlo? le quedo agradecido.