Migrar hacia Apache

[gylle05]

Buenas amigos!!! les quiero hacer un consulta.....yo tengo mi sistema funcionando desde hace casi un año en windows 2003 y con IIS en php y mysql. Lo ke estoy haciendo ahora es migrarlo a Un linux con apache, y me encuentro con que hay paginas que no las abre correctamente, me da un problema con archivos de jquery....mis directorios y archivos tienen todos los permisos otorgados. Hay algo mas ke debo hacer??? pense ke solo era subir mi sitio al apache y listo...estaba tan equivocado???