Pacefi, mira no se en que consiste tu "VPS con acceso al Panel de Virtuozzo y al WHM." Ni como esta administrado tu server, hasta donde se deduce de tu explicación las raices de tus subdominios estan debajo del nivel de la de tu dominio principal. Para evitar problemas con urls o paths relativos, si trabajas de esta manera te aconsejo lo siguiente,
supongamos tus páginas se alojan en el disco del servidor bajo una ruta mas o menos parecida a la siguiente
/home/users/web/midominio.com
crea dentro de esa carpeta un archivo llamado por ejemplo
config.php y en este crea variables comunes para las urls de tus archivos comunes...
Código PHP:
#imagenes comunues
$ic = "http://midominio.com/imagenes_comunes";
# javascript o css comunes
$jc = "http://midominio.com/js_css_comunes";
ahora bastará que en las páginas que lo necesiten incluyas al comienzp el siguiente código
Código PHP:
require('/home/users/web/midominio.com/config.php');
y si quieres cargar alguno de esos elementos ponas algo como
Código HTML:
<img src="<?PHP echo '$ic/logo.jpg'; ?>" width="300" height="200" ...>
En ese mismo archivo puedes incluir cualquier otra cosa,
funciones comunes, parametros de conexion a MySql, etc
Recuerda que en este archivo $_SERVER["HTTP_HOST"] siempre representará el dominio actual que este visitando el cliente.
Un detalle, generalmente cuando te asignan espacio en disco la carpeta para publicar esta en un nivel inferior a la de acceso por ftp por lo que te conviene siempre guadar el archivo un nivel mas arriba que el de tu acceso por web.
Espero que esto te ayude
Saludos