Trate que la Rule sirva para TODAS(por eso las ruta absolutas no lo solucionan) las terminaciones que NO tengan punto(o sea para no tener problema con CSS.. JS.. las imagenes... las consultas AJAX.. etc..)
Tengo esto..
Código PHP:
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteRule [^.css|.png]$ Index.php
Y si la ruta termina con alguna de esas letras (c, s, p, n, g) (la idea es que las tome en conjunto :S)... no lo toma la Rule
Saludos y gracias de ante mano..