Saludos colegas,
Resulta que en HostDime uso un hosting de servidor privado. La configuración actual no tenía mcrypt instalado y les solicité a HostDime que lo instalaran, para lo que me recomendaron recompilar apache. Me aseguraron que esto no cambiaría la configuración actual, porque podrían mantenerla y solo añadir mcrypt. Pero no fue así. Primero recompilaron sin incluir GDlib, aunque incluyeron mcrypt. Luego recompilaron apache otravez para incluir GDlib.
No se porque rayos había que recompilar apache para instalar una extensión de php.
Pero al terminar las recompiladas susodichas, un script en PHP para hacer thumbnails (SLIR) paró de funcionar correctamente debido a problemas con la ruta (friendly urls) la solución fue eliminar la línea de RewriteBase en .htaccess.
La pregunta realmente es; ¿Qué cambió en apache para necesitar esa línea fuera del archivo cuando originalmente era necesaria? ¿Hay algún default para la ruta de los rewrites? Lo pregunté en el servicio técnico pero evadieron responder, pienso que ni ellos mismos fueron capaces de hacer lo que dijeron que harían (y hacerlo bien) así que pregunto acá donde posiblemente hay más expertos.