Buenas!
zwollearra, perdona pero he estado unos dias un tanto incomunicado y no me ha sido posible contestar a las preguntas, me alegro de que hayas podido acabar el proyecto :)
pamda, existen algunos paneles de control gratuitos, como webmin, ISPConfig que si no me equivoco son compatibles con cualquier S.O. Yo ahora estoy utilizando Kloxo que solo es compatible con CentOS. De momento es de largo el que mas me ha gustado por varias cosas, entre ellas que es posible cambiar de Apache a Lighttpd (el cual yo utilizo) con solo un par de clicks.