Ok... Este ya es un tema diferente.
Como te han dicho, para dejarlo limpito y bien deberías echar un ojo a virtualhosts en apache... Es muy sencillo.
Pero si no quieres hacerlo así de momento, puedes probar con algo como lo siguiente:
a) 3 BBDD... Si son MySQL puedes crear 3 bbdd y dar permisos a una cuenta diferente para cada bbdd. Le entregas cada una de esas cuentas (usr + passwd) a cada usuario y que realicen la conexión a su BBDD con esa cuenta (que solo le permitirá acceder a su BBDD)...
mysql> grant all on nombre_bbdd1.* to 'usr1'@'localhost' identified by 'passwd_usr1';
De esa manera permites que el usuario usr1 acceda a todas las tablas de la base de datos nombre_bbdd1 (puede incluso crear tablas, indices, etc...) desde la máquina "localhost" (dado que vas a montar todo,bbdd y php-web, en la misma máquina, y el tipo de conexión php se hará desde si misma, esa es la mejor opción)... Y dices que usr1 tendrá como password "passwd_usr1".
2) Las web serán de acceso público, entiendo... Dado que de entrada no te quieres liar con virtualhosts, trabaja con directorios (para aprender)... De esa forma, si la raiz de tu arbol web (DocumentRoot) está en /datos (para seguir con el ejemplo del otro hilo); crearías: /datos/usr1 /datos/usr2 y /datos/usr3.
En cada subdirectorio tendrías una serie de páginas y/o directorios con documentos php (supongamos que al menos un index.php en cada uno de ellos)... Los tres serían públicamente accesibles como
http://nom_o_ip_servidor/usr1; http://nom_o_ip_servidor/usr2; http://nom_o_ip_servidor/usr3
Cada enlace en cada página HTML deberá incluir la ruta (/usr1,/usr2 o /usr3)... Dado que accedes por directorio (y no por nombre de servidor virtual)... Es decir, tu nombre de servidor es el mismo en los 3 casos (así es como lo quieres montar de entrada, si no entendí mal).
3) Configura un servidor ftp cualquiera (trivial) o (mejor) dale acceso ssh a cada usuario (en cuanto tengas los usuarios en el sistema ya podrás hacerlo)... Haz que cada subdirectorio (/datos/usr1; /datos/usr2; /datos/usr3) SOLO tengan permisos de escritura para cada usuario (chmod 755 /datos/usr1; chown -R usr1 /datos/usr1; etc...)
Con un acceso ssh (y la conf.por defecto que permite sftp) tus usuarios podrán acceder a las partes del sistema que tengan permisos (tanto en consola como para subir y bajar archivos con un putty y un winscp si lo hacen desde windows)... Comodo, seguro y trivial.