Hola,
Bueno esto es bien raro, hoy entro con ftp a mi web y noto unos archivos que no son míos y con códigos "malicioso". Pero no tocaron nada de mi web ni nada. Esos archivos (unos 30) solo están en las carpetas con permisos 777 y son archivos ".php" y ".htaccess" (con un código para ocultar el .php). No es problema de seguridad de mi código php de mi web, revise mucho, se lo mostré a varios amigos y nada :S, lo único que si es que justo las carpetas que tenían archivos son donde se guardan fotos que suben los usuarios y que tienen permiso 777.
Gracias
Salu2