Sí, es bastante más potente que PHP, ya que, por ejemplo, el programa que se ejecuta bajo mod_perl queda compilado en la memoria, por lo que la siguiente vez que el usuario lo solicite, el navegador web se ahorra el tiempo de localización, lectura e interpretación del código, cosa que sí tiene que hacer con PHP (salvo que compres una licencia de compilación de código PHP).
Si solo requieres ejecutar un programa Perl, no necesitas nada más que esté instalado el intérprete perl, en tu sistema. Solo tienes que entrar en una terminal de línea comandos y ejecutarlo como
perl programa.pl.
Si el programa se debe ejecutar a partir de un servidor web, lo normal es copiar el programa dentro de una carpeta bin/ o cgi-bin/. Esto se indica en el archivo de configuración del Apache.
La opción ScriptInterpreterSource hay que colocarla en el archivo de configuración principal o .htaccess, dentro de una marca <directory>, tanto en la parte principal como en la de los servidores virtuales.
Esa opción indica a Apache cómo tiene que localizar el intérprete que debe ejecutarse cuando se encuentre con un programa CGI.
Si pones
ScriptInterpreterSource Script
le estás diciendo que lo localice en la ruta indicada en la línea shebang (la que hay al principio, la que comienza por
#!).
Si pones
ScriptInterpreterSource Registry
le estás diciendo que debe usar el Registro de Windows para que localice la ruta del intérprete en función de la extensión del script a ejecutar (si estás intentando ejecutar un .pl, irá al registro a buscar por la aplicación que debe ejecutar para "abrirlo". Encontrará al intérprete perl, y lo ejecutará, pasando el nombre de tu script como argumento).
Más información.
De todas maneras... si has instalado un paquete como WAMPP o XAMPP para Windows, todo esto ya está configurado por defecto, y solo tendrás que copiar el programa a la carpeta cgi/ o cgi-bin/, para luego ejecutarlo con un simple
http://localhost/cgi-bin/programa.pl