httpd.exe consume mucho CPU

[guns1987]

Tengo una maquina virtual de Windows Server 2003 Enterprice Edition, con 4 Procesadores y 7 GB de memoria Ram, hay tengo instalado el XAMMP donde corre una pagina web hecha en php, con administrador de contenido (no joomla ni wordpress) a la medida. Lo que sucede es que entro un virus llamado minerd.exe y en el php de la pagina de inicio veia codigo que no habia puesto haciendo referencia a bitcoin.it , elimine todo eso con el malware pro, pero ahora resulta ser que la pagina se lentea y por ende se pone todo blanco, en el administrador de tareas ceo que el httpd.exe esta en 80, 95 de CPU y en uso de memoria dice 250,834 kb el mas grande.

Mi pregunta va como arreglo esto? si me dicen reinstalar pues les comento que es un servidor donde corre unn aplicativo(php con mysql) que varias personas ejecutan, como podria arreglar esto?

PD: tambien por alguna razon cada dia que pasa el disco duro se llena repentinamente, no me cabe duda que es virus pero lo del httpd.exe me sorprende y tambien se apaga solo

AYUDA!!!!