Extensiones que Desaparecen permisos y mas

[Garabato]

Tengo un dedicado

cPanel 11.24.5-R37946
WHM 11.24.2 - X 3.9
CENTOS 5.3 i686 standard
4HD 750GB
4GB RAM

Mi problema empezo cuando tuve que cambiar el disco mas viejo se murio el pobre pero alcanzamos a hacer la migracion de los sitios luego de instalar S.O. y Cpanel

El tema es que tengo clientes con sitios de videos y otros con joomla (la mayoria)

la cuestion es que instalo TODAS las exensiones ffmpeg

LAME
AMR codec support
MEncoder and/or FFmpeg
MR codec support
AC3 codec support
AAC codec support
MP3 codec support
OGG/Vorbis codec support
x264 codec support
DivX/XviD codec support
in32 codec support
FLVtool2
FFmpeg-PHP

y tras varios dias de funcionar bien....... desparecen del server o sea no se procesan videos y demas por lo que debo reinstalarlas pero hacerlo una vez ok, pero ya hacerlo casi dia por medio ................. entienden
Instalo el modulo completo que hay en http://www.ffmpeginstaller.com/

Tema Joomla's
Tambien despues del cambio de HD empezaron los reclamos "que suben los joomla" y el configuration.php no es escribible, pero se soluciona subiendolo luego de la instalacion hasta ahi ok
El problema es que quieren subir componentes, modulos, templates y los permisos por defecto quedan luego de la instalacion en 755 y via FTP, con mozilla o cuteFTP no permite cambiarlos. Tampoco lo permite desde Cpanel

Estoy dando vueltas, vueltas, y vueltas y no logro solucionar ninguno de los problemas

Seguramente algo estoy haciendo mal pero no logro verlo

Si alguien tuviera la amabilidad de orientarme le agradeceria

[netandino]

si ví es eproblema es un problema con el SO y parecer tambien con el Cpanel. te recomendaria actualiar el SO y todos los aplicaciones y luego de eso ejecuta la actualizacion forzada del cpanel ya que eso se pone como de solo lectura y genera un dolor de cabeza. y si persiste mas practico saca copia de todas las cuentas recarga el SO y restauras todo el server desde CERO.

Saludos