http://www.minid.net/2005/05/24/utf-8-vale-la-pena/
una explicación rápida (aunque seguramente no la más exacta):
Es mejor utf-8 debido a su mayor capacidad de representar caracteres.
Si tu tema de SMF está en UTF-8 (puedes mirar el código fuente de la página para ver el charset especificado), el segundo. En caso contrario (por ejemplo si está en charset=ISO-8859-1) el otro.
También influye si la base de datos está codificado con uno u otro formato.
Pero SMF trae una opción para convertir la base de datos a UTF-8.
Si es posible, antes de trastear con la base de datos. BACKUUUUUUUUUP